Les analyses Virologiques

 

    Les virus phytopathogènes sont des parasites intracellulaires obligatoires, uniquement capables de se multiplier aux dépens des plantes qu’ils infectent. Ils détournent la machinerie cellulaire de leurs hôtes afin de mobiliser les ressources métaboliques de ces derniers pour se multiplier et survivre. Ces virus sont capables d’infecter tout type de plantes et d’induire des perturbations métaboliques importantes conduisant à l’expression ou non de symptômes plus ou moins graves.

 

    Les pertes causées par les maladies virales sont considérables sur les rendements agricoles, la qualité des produits et leur valeurs marchandes. L’impact de ces infections varient en fonction de l’espèce végétale, du virus responsable, ainsi que de l’environnement.

Par conséquent, la détection et l'identification des virus apparaissent comme des éléments clés en production végétale afin de limiter au mieux les dégâts et dommages dont ils sont la cause.

Historiquement, le diagnostic des viroses de plantes s’appuie sur une large gamme de méthodes qui vont de l’observation visuelle des symptômes sur plantes aux différents tests de laboratoire dont les méthodes sérologiques et les méthodes de biologie moléculaire.

    Les techniques sérologiques actuellement utilisées en routine au laboratoire sont l’ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay) et ses variantes DAS et TAS (respectivement Double et Triple Antibody Sandwitch). Ces méthodes sont basées sur la reconnaissance d’un antigène par des anticorps provenant d’un échantillon biologique. Ces reconnaissances sont ensuite mises en évidence par une réaction enzymatique.

 

    Ces méthodes sont plus sensibles, plus reproductibles et plus rapides que les méthodes biologique et microscopique de diagnostic mais le coût et l’investissement en temps de travail n’est pas négligeable. Ces méthodes principalement qualitatives sont également limitées par la disponibilité d’anticorps spécifiques ; il sera alors très difficile de détecter un virus émergent.

 

    Afin de moderniser les techniques de diagnostic du laboratoire nous développons actuellement de nouvelles méthodes de biologie moléculaire plus performantes, plus sensible et plus rapides.

 

    Les méthodes développées au laboratoire sont la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) et sa variante la RT-PCR. Ces méthodes reposent sur une réaction enzymatique qui permet de cibler un fragment d’ADN spécifique grâce à l’utilisation d’amorces, puis de le dupliquer en nombreuses copies pour le visualiser sur gel.  La RT-PCR permet d’amplifier des séquences de virus à ARN et nécessite une étape préliminaire de synthèse d’un ADN complémentaire (ADNc) par la transcriptase inverse. Les produits obtenus par PCR ou RT-PCR sont ensuite séquencés et les séquences nucléotidiques sont analysées par comparaison à des bases de données dans le but d’identifier le genre et l’espèce virale.

 

    Contrairement au dépistage visuel et à l’ELISA, les méthodes de biologie moléculaires sont rapides, fiables et applicables à tous types de tissus. Elles sont suffisamment sensibles pour être appliquées sur des tissus qui ne pourraient pas être évalués par observation visuelle ou par ELISA.

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